sync: BOWEI 2026-09-07 tools-sync 改为 junction 模型（registry 双向 ingest + 修复）

- sync_repos.ps1: 每个 skill 只在 ~\.claude\skills 有一份物理副本，其余 registry
  一律 junction；新增 registry-only skill 的自动 ingest、MISDIRECTED 链接修复、
  同名内容分叉的 CONFLICT 报告，以及只对 -MirrorRegistry 做全量镜像。
- SKILL.md: 重写阶段 1/2，补 Codex MCP 存储模型（config.toml 惰性，
  codex mcp list --json 是唯一权威口径）与 CLI 升级会清空注册表的事实。
- sync_mcp_registrations.ps1 + references/codex_mcp_wanted_keys.json:
  报告 codex-cli 无接口可设的键（tool_timeout_sec / env_vars）为
  "registered, but incomplete" 而非失败。
- tests/test_sync_repos_registries.ps1: registry 对账的回归测试。
- .gitignore: orchestration（Orca 自带的发现桩，同 orca-cli）列为 local-only。

Co-Authored-By: Claude Opus 5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01438Zbcx49e4o46uSA71mFF

tools-sync/references/codex_mcp_wanted_keys.json

@@ -0,0 +1,9 @@
+{
+  "_comment": "Codex-side [mcp_servers.<name>] keys certain MCPs need that codex-cli 0.150.1 offers NO way to set: `codex mcp add` has no flag for them, and config.toml's [mcp_servers.*] tables are inert (measured -- editing one there does not change what `codex mcp list` reports). sync_mcp_registrations.ps1 reports these after registering so the gap stays visible instead of looking complete. Re-check on each codex-cli upgrade; delete an entry once a real interface exists and the key is set.",
+
+  "matlab": {
+    "tool_timeout_sec": 600,
+    "env_vars": ["WINDIR"],
+    "_why": "Simulink model_edit/model_test round-trips exceed the default tool timeout; the Simulink subprocess needs WINDIR inherited from the parent environment on Windows."
+  }
+}

tools-sync/references/skills_env_template.md

@@ -10,8 +10,9 @@
 SKILLS_REPO_URL   = http://git.rpchannel.com/bowei/skills-win.git
 SKILLS_REPO_USER  = bowei
 SKILLS_REPO_PASS  = <填写，或留空表示已存入 Windows 凭据管理器>
-CLAUDE_SKILLS_DIR = C:\Users\<user>\.claude\skills
-CODEX_SKILLS_DIR  = C:\Users\<user>\.codex\skills
+CLAUDE_SKILLS_DIR = C:\Users\<user>\.claude\skills      # 唯一 git 检出（主副本）
+CODEX_SKILLS_DIR  = C:\Users\<user>\.codex\skills       # 全量镜像，全是 junction
+AGENTS_SKILLS_DIR = C:\Users\<user>\.agents\skills      # 跨工具别名目录；只做发现/修复，不全量铺
 ```
 
 凭据说明：首次 clone 成功后运行 `git config --global credential.helper manager`，
@@ -93,11 +94,13 @@ CROSS_VM_PASS  = <填写>
 MCP_DESIGN_ROOT = E:\MCP_design
 ```
 
-每个 MCP 在 Claude Code（`~\.claude.json` 的 `mcpServers`）和 Codex
-（`~\.codex\config.toml` 的 `[mcp_servers.*]`）中应使用**同一份** command/args/env。
-同步时还要对两侧用户级注册表取并集，确保任一侧新增的可移植 MCP 都同步到另一侧；
+每个 MCP 在 Claude Code（`~\.claude.json` 的 `mcpServers`）和 Codex（`codex mcp add`，
+读用 `codex mcp list --json`）中应使用**同一份** command/args/env。注意 Codex 侧
+`~\.codex\config.toml` 的 `[mcp_servers.*]` 节**不生效**，手写无用；且它的注册存储
+不跨 codex-cli 升级存活，所以下表是 Codex 侧唯一可重建的真源，每次同步都要核对。
+同步时对两侧用户级注册表取并集，确保任一侧新增的可移植 MCP 都同步到另一侧；
 `mcp_list.md` 继续用于发现“两侧都漏装”的本地工程。托管连接器、插件动态 MCP、
-Codex 内置运行时 MCP 不进入这个并集。
+Codex 内置运行时 MCP（node_repl / cua_repl）不进入这个并集。
 标准配置如下（路径变量引用上文条目）：
 
 | name       | command                          | args                                              | env |
@@ -110,8 +113,10 @@ Codex 内置运行时 MCP 不进入这个并集。
 | matlab     | {MATLAB_MCP_EXE}                 | --matlab-session-mode=existing --extension-file=...\simulink\tools\tools.json | |
 
 Codex 侧所有 stdio MCP 额外加 `PYTHONIOENCODING=utf-8`、`PYTHONUTF8=1`。
-MathWorks `matlab` MCP 是特例：Codex 还要设置 `tool_timeout_sec=600` 与
-`env_vars=["WINDIR"]`；Claude 侧要设置 `alwaysLoad=true`。MATLAB 与 Simulink 共用该条目。
+MathWorks `matlab` MCP 是特例：Claude 侧要设 `alwaysLoad=true`；Codex 侧本应有
+`tool_timeout_sec=600` 与 `env_vars=["WINDIR"]`，但 codex-cli 0.150.1 无接口可设，
+属已知缺口（记录在 tools-sync 的 `references/codex_mcp_wanted_keys.json`）。
+MATLAB 与 Simulink 共用该条目。
 
 ## 本机状态备注（同步时更新）